Identifikasi Patogen Pada Daging Dengan PCR   Leave a comment

Tujuan

            Tujuan prakikum kali ini adalah menegetahui dan mengidentifikasi patogen pada daging dengan metode PCR.

Metode

            Metode yang digunakan yaitu pertama proses persiapan daging sebelum dilakukan proses PCR. Sebanyak 50 mg daging ayam dan daging kambing digerus, ditambahkan nitrogen cair untuk mempermudah penggerusan. Setelah selesai digerus ditambahkan 350 ml larutan buffer lisis dengan proteinase K. Campuran ini kemudian diinkubasi pada suhu 50oC selama 5 menit dan dibolak-balik. Setelah itu damasukan kedalam es selama 10 menit. Setelah 10 menit campuran tadi ditambahkan 150 μl NaCl 6 N lalu dibolak-balik 6 sampai 8 kali. Dimasukan ke es selama 5 menit dan disetrifugasi selama 10 menit dengan kecepatan 10000 rpm. Hasil sentifugasi hanya diambil supernatannya saja sebanyak 500 μl danditambahkan 4 μl Rnase  lalu diinkubasi kembali pada suhu 37oC selama 15 menit. Ditambahkan isopropanol dingin sebanyak 350 μl, dibolak-balik selama 6 sampai 8 kali. Setalah itu disentrifugasi selama 20 menit dengan kecepatan 10000 rpm hasilnya berupa pelet saja yang diambil. Pelet tersebut ditambahkan 500 μl EtOH 70 % dan disentrifugasi lagi selama 5 meit dengan kecepatan 10000 rpm. Hasilnya dikeringkan dan ditambahkan 20 μl dd H2O setelah kering. Terakhir untuk pengecekan ada tidaknya DNA maka dilakukan elektoforesis.

            Setelah tahap persiapan selesai, dilakukan proses PCR.PCR 16S RNA terdiri atas tempelate sebanyak 0,5 μl, dNTP sebanyak 1 μl, DMSO 0,4 μl, Taq 0,2 μl, buffer 1 μl, primer 63 F 0,3 μl, 1387 R 0,3 μl, dan terakhir dd H2O  6,3 μl.  Tahapan dalam PCR meliputi predenaturasi pada suhu 95oC  selama 5 menit, denaturasi  95oC, annealing pada suhu 63oC dan terakhir adalah ekstensi 72oC.

Hasil Pengamatan

Keterangan : berturut-turut dari kiri kekanan adalah marker kemudian kelompo satu sampai kelompok sepuluh.

                        Migrasi DNA terlihat pada kelompok 3 dan 5 saja sedangkan kelompok yang lain DNA tidak bermigrasi.

Pembahasan

Bahan makanan, selain merupakan sumber gizi bagi manusia, juga merupakan sumber makanan bagi mikroorganisme. Pertumbuhan mikroorganisme dalam bahan pangan dapat menyebabkan perubahan yang menguntungkan seperti perbaikan bahan pangan secara gizi, daya cerna ataupun daya simpannya. Bahan makanan tersebut dapat berupa pangan dari hewani ataupun pangan nabati.  Contoh pangan hewani adalah daging (Siagian A. 2002).

Adanya pertumbuham mikroorganisme dalam bahan pangan dapat mengakibatkan perubahan fisik atau kimia yang tidak diinginkan, sehingga bahan pangan tersebut tidak layak dikomsumsi. Kejadian ini biasanya terjadi pada pembusukan bahan pangan. Bahan pangan dapat bertindak sebagai perantara atau substrat untuk pertumbuhan mikroorganisme patogenik dan organisme lain penyebab penyakit. Penyakit menular yang cukup berbahaya seperti tifus, kolera, disentri, atau tbc, mudah tersebar melalui bahan makanan (Siagian A. 2002).

Kerusakan pada daging ada dua jenis yaitu kerusakan pada kondisi aerob dan kerusakan pada kondisis anaerob. Contoh bakteri yang terdapat pada daging, yaitu Bacillus, Streptococcus,dan Pseudomonas. Adapun mikroorganisme lain yang terdapat pada daging yang menyebabkan adanya bau pada daging yaitu actynomycetes (http://blogs.unpad.ac.id). 

Berdasarkan hasil pengamata berupa hasil elektroforesis ada 2 kelompok yang berhasil, DNA hasil elektroforesis bermigrasi. Hal ini menunjukan adanya DNA patogen yang terdapat pada daging. Sedangkan kelompok yang lain tidak berhasil. Hal ini disebabkan pada saat pengerjaan prosedur praktikan tidak teliti dan bekerja tidak sesuai standar yang telah ditetapkan dalam prosedur. Sperti penamabahan volume beberapa larutan yang kurang atau sebaliknya kebanyakan karena salah menggunakan pipet mikro. Pada praktkum ini hanya terbatas melihat ada tidaknya DNA patogen yang terdapat pada daging tidak pada tahap mengidentifikasi jenis mikroorganismenya.

Kesimpulan

Praktikum ini ada 2 kelompok yang berhasil dalam identifikasi patogen pada daging yaitu ditandai dengan adanya DNA yang bermigrasi setelah dilihat hasilelektroforesis. Sedangkan kelompok yang lain tidak berhasil

Daftar putaka

Siagian A. 2002. Mikroba Patogen pada Makanan dan Sumber Pencemarannya. Sumtera Utara: USU digital library.

http://blogs.unpad.ac.id/roostitabalia/wp-content/uploads/mikropangan03.pdf

Posted June 21, 2010 by rianpratiwi09 in Uncategorized

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s

%d bloggers like this: